上に記述されているように生態系における窒素は、様々な形態で存在している。本研究で用いられる窒素は、溶存無機態窒素(Dissolved Inorganic Nitrogen: DIN)として硝酸態窒素(硝酸イオン(NO3−)の形態を持つ窒素を指す)、アンモニウム態窒素(アンモニウムイオン(NH4+)の形態を持つ窒素を指す)、亜硝酸態窒素(亜硝酸イオン(NO2−)の形態を持つ窒素を指す)で、溶存有機態窒素(Dissolved Organic Nitrogen: DON)は溶存態全窒素(Total Dissolved Nitrogen: TDN)から溶存無機態窒素を差し引いて求められる。生態系における溶存試料中の窒素は量的にほとんど溶存無機態窒素と溶存有機態窒素である。生態系における有機態窒素の割合と役割は無視できない場合もある。